2020年1月31日热带生物医学组学大数据李霞教授研究团队在《Nucleic Acids Research》杂志（JCR一区，影响因子11.147）以Article形式发表题为“Complex impact of DNA methylation on transcriptional dysregulation across 22 human cancer types”文章。随着生物医学大数据的快速发展，研究表明很多热带疾病和癌症的发生发展与基因表达的调控异常密切相关，然而我们对于基因表达异常调控的机制理解还是有限的。DNA甲基化在热带疾病和肿瘤的发生发展过程中发挥重要功能，识别关键的DNA甲基化标记对于热带病等复杂疾病的诊疗具有重要意义。

   该研究工作通过整合分析DNA甲基化、基因表达以及转录调控等生物医学大数据，开发了计算学分析方法识别DNA甲基化介导的转录调控网络扰动（图1），并揭示了不同的甲基化调控模式，对于理解热带病等复杂疾病的基因表达调控异常提供了新的视角。该团队首先将该方法应用于20种癌症类型，发现了多种疾病中广泛失调的转录调控，这些调控异常与癌症Hallmark通路密切相关。为了方便研究人员利用该计算分析方法于其他复杂疾病，该团队开发了在线分析平台DMTDB (http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/DMTDB)（图2）。该平台提供了多种复杂疾病的转录调控关系以及甲基化诱导的转录调控异常，为复杂疾病的基因表达调控机制的探索提供了用户友好的数据资源和分析平台。该研究平台自建立以来，有近50个国家和地区的～9000位研究人员访问。

图1. 整合生物医学大数据的DNA甲基化介导的转录失调计算分析方法流程

图2. DNA甲基化介导的转录调控网络扰动在线分析平台

   这项工作从计算系统生物学的角度提出了DNA甲基化介导的转录调控异常识别与分析的研究方法，为包含热带疾病在内的复杂疾病表观调控功能解析以及关键生物分子标记筛选提供了新的视角。该项研究工作受到了国家自然科学基金（61873075, 31871338, 31970646）以及热带转化医学教育部重点实验室等项目的资助。

全文链接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa041/5718258